Su servicio en el Este era paralelo al de los Templarios , y el más grande y más famoso de los castillos de los cruzados (Krak de Chevaliers ) fue construido por ellos . Después del otoño de Acre, se retiraron brevemente a Chipre pero ya habían hecho planes para su nuevo papel. Durante algunos años habían construido y comandado una flota de naves que proporcionaron suministros al reino Cristiano y comercial, y también contuvo los piratas del mediterráneo oriental. En 1307 compraron la isla de Rodas y hicieron su oficina principal allí. Continuaron sus funcionamientos navales, fortificaron el pueblo y puerto de Rodas, construyeron una fortaleza por el Gran Amo y un gran hospital para el enfermo. También se reorganizaron para que se agruparan los caballeros de cada nacionalidad diferente, cada uno en su propia "Posada", y cada uno tenia una responsabilidad por una sección del pueblo y defender su parte de la muralla .

     Para finales del decimocuarto siglo ellos no eran una molestia, pero los musulmanes estaban menos contentos tener semejante poder cristiano fuerte y firmemente establecido en el mediterráneo oriental.

     En 1435 Rodas fue atacado por el ejército del Sultán Baybars, pero después del sitio de un mes del pueblo, los caballeros salieron inesperadamente y los pusieron en retirada. El poder del Imperio bizantino estaba derrotado ( más bien una propia meta por parte de los cruzados que habían saqueado Constantinopla en la Cuarta Cruzada en 1204, debilitando el imperio irrevocablemente ) y, cuando los Turcos tomaron Constantinopla finalmente en 1453, Los Hospitalarios en Rodas era el único fortín cristiano en el este.

     En 1480 un gran ejército de Turcos bajo Palaeologos Pasha desembarcó y trató de capturar el pueblo bombardeando las paredes a cañonazos. Gracias a la dirección inspirada y la planificación cuidadosa del Gran Amo, D'Aubusson, este ataque también fue repulsado por los caballeros, aunque casi la mitad de su número perdió sus vidas en la defensa de su ciudad. En 1522 fruto de un gran esfuerzo lograron entrar, con los inmensos ejércitos de Suleiman el Magnífico bajo el orden de su Gran Visir, Pir Mahomet Pasha.

     El Emperador Carlos V que había sido conocido por su valor aunque incapaz para enviarles ayuda, donó su próxima casa en Malta. En 1565 ellos fueron atacados una vez más por las fuerzas de Suleiman el Magnífico, ahora un hombre viejo de setenta. La historia de cómo los caballeros se resistieron al sitio de Malta,bajo la dirección de su Gran Amo, Jean del la Valette, es uno del más emocionante e inspirador de la epoca. La fuerza diminuta, de quizás 700 caballeros y 1500 hombres ,logro derrotar el poderío del Imperio turco gracias a la preparación meticulosa y el valor excelente.